Najstarszym zabytkiem nowomiejskiej Bazyliki p.w. św. Tomasza Apostołasą dekoracje malarskie z XIV wieku. Znajdują się one w najstarszej części prezbiterium i przedstawiają 13 postaci świętych, Doktorów Kościoła i czterech ewangelistów. Są tu często spotykane w sztuce gotyckiej postaci: Mater Misericordiae (Matka Boska Opiekuńcza), rozpościerającej nad ludźmi płaszcz opiekuńczy oraz postać św. Michała z mieczem i wagą, na której waży ludzkie dobre i złe uczynki. Przeprowadzona konserwacja malowideł przywróciła im dawny blask.
Na ścianie południowej znajdują się również sceny moralizatorskie (m. in. Nauka Dobrego Umierania) oraz postacie świętych. Tu znajduje się też jeden z najbardziej tajemniczych elementów nowomiejskiego kościoła – jedna ze służek sklepienia nawy głównej kończy się zupełnie inaczej niż pozostałe, ma postać siedzącej figurki brodatego mężczyzny. Z dużym prawdopodobieństwem można stwierdzić, że jest to przedstawienie budowniczego świątyni, który w ten sposób chciał przekazać swój wizerunek następnym pokoleniom. Niestety, nieznane jest jego nazwisko ani przydomek.
