Budowę kościoła farnego p.w. Św. Tomasza Apostoła rozpoczęto około 1300 roku razem z budową murów obronnych miasta. Początkowo było to prezbiterium dobudowane do drewnianego kościółka. Od połowy XIV wieku stopniowo wznoszono mury nawy bocznych i dolnej części wieży. Przedłużono też prezbiterium i zamknięto je trójkątnym przęsłem. Kiedy nawy boczne przykryte były już krzyżowymi sklepieniami, zaczęto podnosić mury nawy głównej i wieży. Ostatecznie wieża kościoła osiągnęła wysokość 40 metrów, a wysokość nawy głównej wyniosła 17,7 m. Zleceniodawcą budowy był Zakon Krzyżacki, który posiadał prawo patronatu i finansował budowę. Około 1600 roku do południowej nawy bazyliki dobudowano barokową kaplicę Św. Krzyża zwana Kaplicą Działyńskich, zamurowano duże ostrołukowe okno w głównej wieży, powiększono okna w nawach bocznych i zmieniono układ wejść bocznych do świątyni. Ostateczny kształt kościół uzyskał w XVIII wieku. W 1971 roku papież Paweł VI podniósł kościół Św. Tomasza Apostoła do rangi Bazyliki Mniejszej.
